최근 소나 돼지의 사육은 배합사료를 주고 좁은 장소에서의 밀집 사육이 되고 있다. 동시에 수고를 덜면서 생력화를 도모하고 적은 인원으로도 어느 정도 규모의 사육이 가능하기 때문이지만 이 배합사료와 밀집 사육이라는 두 가지 점이 여러 가지 문제를 야기하고 있다. 배합사료에 포함되어지는 화학물질이나 항생물질, 잔류농약은 분비물에 높은 농도로 잔류하고, 퇴비화해도 발효가 잘 되지 않는 경우가 있다. 미숙한 퇴비를 밭에 사용하면 작물의 병이 다발하고, 심한 경우는 수년에 걸쳐서 밭을 사용할 수 없는 피해가 나오는 일도 있다. 또 나쁜 냄새가 지독하기 때문에 폐기물로서 대단히 귀찮기도 하다. 이것들을 통틀어 ‘축산공해’등으로 불려지는 일도 있는 것이 현 상태이다.
이러한 여러 가지 문제들은 EM을 통하여 해결할 수 있다.

EM은 고약한 냄새를 제거하는데 특히 효과가 있어 이에만 EM을 활용하고 있는 농가도 있다. EM이 만들어내는 항산화 물질이나 유기산에는 악취물질을 분해하는 작용이외에도 유기물이 부패하지 못하게 분해하기 때문에 악취 완화에 절대적인 효과가 있다.

축산의 경우, EM의 희석액을 축사 내외에 살포, 먹는 물에 혼입, 생균제를 사료에 혼입 하는 등 3종류의 방법을 동시에 행하는 것이 대표적이라고 말할 수 있다. 이것에 의해 사료의 소화습수가 높아지고 성장이 빨라지는 외에도 체내의 미생물상의 변화로 분뇨의 악취가 사라지고, 축사의 위생 상태도 향상시키는 일이 가능하다.
종합적으로 효과를 내려고 한다면 축사에서 마시게 하고, 먹게 하고, 살포하면 사육환경의 미생물은 부패형으로부터 발효형으로 바뀌어가는 것이다.

환경에 EM을 정착시키기 위해서는 축사의 구조도 중요하다. 콘크리트 축사에서는 EM이 정착되기 어렵고 효과가 나오기 어렵기 때문에 흙을 넣는 편이 관리하기 쉬울 것이다.
평사라면 지면에 EM이 정착할 수 있도록 흙이나 톱밥을 깔고 EM을 정착시키면 살포 횟수를 감소시킨 수 있다. 오히려 매회 살포하는 것보다도 비면에 EM을 정착해 주는 편이 효과가 좋다.

EM사용의 결과 가축의 스트레스가 줄고, 본래의 건강을 다시 찾고, 항생물질이 필요 없는 관리가 가능하게 된다. 또 성장이 빠른 도중에 죽는 개체가 적어지게 되고, 병이 적은 밀집사육등이 가능하기 때문에 EM도입은 경제적으로도 효과가 높다고 말할 수 있다. 그 밖에 EM농가에서 생산되는 고기나 우유, 계란의 품질은 대단히 뛰어나고 아토피 체질의 사람이 먹어도 증상이 나오지 않는다는 보고도 다수 있어 부가가치가 높은 건강식품으로서 시장에서 거래되고 있다.